Acabada la primera República, los principales responsables políticos y militares de la Independencia se exilian. Bolívar escribe el Manifiesto de Cartagena donde analiza las razones del fracaso de la república y el futuro de los países que participan en este proceso, los que luego formarán la Gran Colombia. Fue escrito en Cartagena de Indias (Colombia), el 15 de diciembre de 1812. Entre las causas políticas, económicas, sociales y naturales mencionadas por Bolívar destacan:
- El uso del sistema federal, al cual Bolívar considera débil para la época.
- Mala administración de las rentas publicas.
- El terremoto de Caracas de 1812.
- La imposibilidad de establecer un ejército permanente.
- La influencia contraria de la Iglesia Católica.
En el bando realista, Monteverde, engreído por su éxito, se niega a entregar el poder al general Fernando Mijares, llegado a Puerto Cabello desde Puerto Rico y nombrado Capitán General por la Regencia. Faltando a lo pactado con Miranda, inicia una represión contra los patriotas con la finalidad de preparar el terreno para ejecutar sus planes de invasión de la República de Nueva Granada, declarada independiente del poder español. Enterado de sus intenciones, Bolívar solicita su incorporación al ejército neogranadino y apoyo logístico para posteriormente iniciar las operaciones militares de lo que se conoce en la historia con el nombre de "Campaña Admirable".
El 8 de enero de 1813 ocupó a la ciudad de Ocaña, (la segunda en importancia en Norte de Santander, después de Cúcuta) después de haber dejado el paso libre en el Magdalena Medio, consiguiendo así la navegación entre Bogotá y Cartagena. El 16 de febrero sale rumbo a Cúcuta pues había peligro por la presencia de Ramón Correa y sus fuerzas realistas. En su recorrido venció una fuerza enemiga que le cerraba el paso en La Aguada. El 28 del mismo mes se llevaba a cabo lo que hoy en día se conoce como Batalla de Cúcuta, con la cual se le dio la independencia a esta ciudad. El Libertador solicitó ayuda al gobierno neogranadino a través del Manifiesto de Cartagena, la cual le fue concebida por las acciones que ya había llevado a cabo en ese país.
En los seis primeros meses de 1813, la resistencia de los realistas se derrumba. Monteverde es derrotado y herido. Se retira a Puerto Cabello, donde sus soldados lo deponen del mando. La guerra continúa con dos campañas paralelas, inconexas pero efectivas, una desde Oriente, comandada por el general Santiago Mariño, conocida como Campaña de Oriente, y otra desde Occidente, comandada por Bolívar, conocida como Campaña Admirable. Cumaná es liberada el 3 de agosto de 1813 por Mariño; Bolívar entra el 6 de agosto a Caracas.
La reconquista de Caracas por parte de los republicanos es para los historiadores el hito que marca el inicio de lo que han llamado la Segunda República. Bolívar, desde Caracas, proclama la guerra a muerte con exterminio de la raza española. La Municipalidad de Caracas le confiere a Bolívar el título de "El Libertador" y "General en Jefe del ejército Republicano". El año siguiente es nombrado Jefe Supremo. La situación militar se complica por la aparición de la figura de José Tomás Boves, asturiano, que organiza un ejército que lucha en el bando de los realistas, y que subleva a la población negra o mestiza en contra de los blancos venezolanos, es decir, quienes dirigen el proceso independentista. En opinión de algunos historiadores, Boves se aprovechó del resentimiento social existente en este grupo.
A partir de febrero de 1814 se produjo una serie de encuentros entre patriotas y realistas en un área que comprende desde el lago de Valencia hasta San Mateo, es decir, en lo que se conoce como los Valles de Aragua. En la casa alta de la hacienda San Mateo, propiedad de Simón Bolívar, se colocó el parque cuya custodia fue encomendada al capitán Antonio Ricaurte y a una pequeña tropa de 50 soldados. Durante el ataque realista, Francisco Tomás Morales se apoderó del Ingenio mientras una de sus columnas, bajando por la fila de Los Cucharos - tomó la «casa alta». No fue capturado el parque por dicha columna porque lo impidió su custodio. el capitán Antonio Ricaurte, quien, al ver tropas realistas en condiciones de capturar aquel depósito, prendió fuego a la pólvora y lo hizo volar el 25 de marzo de 1814, con lo cual pereció él y aquellos que se hallaban dentro del recinto. Bolívar aprovechó el desorden momentáneo que se produjo entre los atacantes y lanzó un contraataque, con el cual reconquistó la «casa alta». La estatua que inmortaliza el gesto heroico de Ricaurte en el "Ingenio Bolívar en San Mateo" es una obra del escultor Lorenzo González. En 1814 se suceden cruentas batallas, represalias contra la población civil de ambos bandos, y el asedio de las ciudades. La población de Caracas, amenazada ante la llegada inminente de Bóves, debe huir a oriente. Los historiadores marcan la batalla de Maturín, el 11 de diciembre de 1814, como el fin de la Segunda República.
Culminada la Campaña Admirable con la entrada a Caracas, Bolívar abre nuevamente operaciones contra la reacción española que pronto se hizo sentir en gran parte del país. Desde Caracas envió a los tenientes coroneles Tomás Montilla a los llanos de Calabozo que eran amenazados por Boves y Vicente Campo Elías a pacificar los valles del Tuy, donde había estallado una rebelión. Boves derrota una avanzada de Montilla en el sitio de Santa Catalina tras lo cual este se retira a Caracas y Boves entra en Calabozo sin oposición. En los valles del Tuy Campo Elías llega a Ocumare del Tuy el 26 de agosto y en poco tiempo logra la pacificación de la región tras lo cual regresa a Caracas. En la capital recibe órdenes de dirigirse a Calabozo para apoyar a Montilla lo que resulta en la derrota de Boves en Mosquiteros el 14 de octubre.
Bolívar se dirige a Valencia con la columna de Urdaneta donde hace una concentración de tropas y las divide en 3 columnas: la primera comandada por García de Serna a Barquisimeto contra el indio Reyes Vargas, la segunda dirigida por Atanasio Girardot hacia Puerto Cabello por el camino de Aguas Calientes, y la tercera de Rafael Urdaneta también hacia Puerto Cabello pero por el camino de San Esteban. García de cerna triunfa sobre Reyes Vargas en Cerritos Blancos mientras que en Puerto Cabello, Urdaneta y Girardot tomó las fortalezas de Vigía alta, Vigía baja y el pueblo exterior. Monteverde recibe refuerzos y lanza una ofensiva sobre Valencia, Bolívar lo espera en Naguanagua y el 30 de septiembre lo derrota en la batalla de Bárbula. Los realistas son derrotados nuevamente en la batalla de Trincheras, el 3 de octubre. Monteverde se retira a Puerto Cabello y Bolívar vuelve a Caracas tras destacar a Urdaneta contra Coro.
La derrota de la primera República Venezolana en 1812 dejó en el Libertador la más profunda huella, pero sobre todo, la más honda lección acerca de la importancia cardinal que la unidad tenía para el triunfo de la revolución. "Nuestra división y no las armas españolas nos tornaron a la esclavitud", había escrito en su célebre Manifiesto de Cartagena haciendo el balance de esos años. La Campaña Admirable comenzó el 28 de febrero de 1813 con la Batalla de Cúcuta contra el coronel Ramón Correa donde el Mariscal de Campo Ribas dio el golpe decisivo con una carga de bayoneta al centro de las líneas realistas.
No olvidaba el Libertador que la primera y segunda Repúblicas se habían derrumbado porque la revolución se había orientado exclusivamente a la eliminación de los privilegios personales o fueros de naturaleza feudal, y a la proscripción de títulos nobiliarios en beneficio exclusivo de los ricos propietarios venezolanos o neogranadinos; sin tener en cuenta para nada a la masa de esclavos o campesinos pobres que constituían el grueso del ejército independentista.
3.1. Decreto de Guerra a Muerte
El coronel Atanasio Girardot se unió a Simón Bolívar en la denominada Campaña Admirable del Libertador y combatió con gallardía al frente de varios batallones que lograron ocupar las ciudades de Trujillo y Mérida. En el avance de Bolívar hacia Caracas, Girardot se encargó de la retaguardia desde Apure, hasta alcanzarlo cerca de la ciudad de Naguanagua, junto al cerro de Bárbula, donde habrían de enfrentarse con el ejército realista comandado por Domingo Monteverde. El 26 de agosto de 1813, Bolívar se encargó personalmente del asedio contra la plaza de Puerto Cabello. El 16 de septiembre arribaron refuerzos enemigos, por lo que Bolívar decidió emprender la retirada hacia el pueblo de Naguanagua. Ante la retirada patriota, el realista Monteverde movilizó sus tropas hasta situarse en el sitio de Las Trincheras, enviando una columna de hombres a tomar posición en las alturas de la hacienda Bárbula. Bolívar decide enviar el 30 de septiembre las tropas de Girardot, Urdaneta y D'Elhuyar, quienes finalmente consiguieron el desalojo de los realistas, pero pagando el alto precio del sacrificio del coronel Girardot, quien muriera al ser alcanzado por una bala de fusil cuando trataba de fijar la bandera nacional en la altura conquistada, durante la Batalla de Bárbula.
El Decreto de Guerra a Muerte fue una declaración hecha por Simón Bolívar el 15 de junio de 1813 en la ciudad venezolana de Trujillo. Según lo expresa el Libertador, el 15 de junio fue creada como respuesta a varios crímenes y masacres realizados por soldados españoles tras la caída de la Primera República, contra miles de republicanos. El objetivo del documento era cambiar la opinión pública sobre la guerra venezolana de liberación, para que en vez de ser vista como una mera guerra civil en una de las colonias de España, fuera vista como una guerra internacional entre dos países, Venezuela y España.
Proclamaba que todas las personas españolas en América del Sur que no participaran activamente en favor de su independencia serían asesinadas, y que todos los sudamericanos serían perdonados, incluso si cooperaban (pasivamente) con los españoles. La "guerra a muerte" fue practicada por ambos bandos. Así, entre 1815 y 1817 fueron asesinados varios ciudadanos distinguidos de Nueva Granada a manos de los españoles, y en febrero de 1814 varios prisioneros españoles fueron ejecutados en Caracas y La Guaira por órdenes de Bolívar.
La Declaración duró hasta el 26 de noviembre de 1820, cuando el general español Pablo Morillo se reunió con Bolívar para declarar como guerra convencional a la guerra de independencia.
3.2. Batalla de Araure
Tras el final de la Campaña Admirable, los republicanos se encontraban en campaña contra los realistas en el centro occidente de Venezuela. En una de esas batallas, cerca de Barquisimeto, los republicanos se enfrentaron a los realistas dirigidos por José Ceballos el 10 de noviembre. Los republicanos fueron derrotados por la falta de coordinación entre el ejército. Profundamente molesto, el Libertador ordenó fusionar los restos de los batallones Aragua, Caracas y Agricultores que habían participado en la batalla, en un solo batallón que no recibiría nombre.
Venezuela estaba bajo el control de los patriotas a mediados de 1813, a excepción de las provincias de Guayana y de Maracaibo. En Septiembre de 1813 los realistas recibieron refuerzos desde Cádiz extendiéndose a los enfrentamientos armados por todo el país, mientras los éxitos de los patriotas continuaron hasta fines de 1813. En estos encuentros destaca la Batalla de Araure, en la que Simon Bolívar venció a José Ceballos.
El 3 de diciembre de 1813 tuvo conocimiento Simón Bolívar de que las fuerzas realistas (3.500 hombres), bajo el mando del brigadier José Ceballos, se habían reunido con las de José Yáñez en la villa de Araure del Estado Portuguesa; y en virtud de ello, dispuso que todos los cuerpos que se hallaban en El Altar y Cojedes concurriesen a la concentración que se llevaría a cabo en el pueblo Aguablanca. El día 4 marcharon los republicanos hacia Araure y acamparon a unos 1.000 m del poblado, frente a los realistas, los cuales se habían desplegado a la entrada de la montaña del río Acarigua; con sus alas apoyadas en sendos bosques y cubierto su frente por un pequeño lago, su espalda estaba guarnecida por un bosque, disponían, además, de 10 piezas de artillería.
El coronel Florencio Jiménez, comandante del Caracas, fue designado como el comandante del Batallón sin nombre. Para mayor humillación, el batallón recibió lanzas en lugar de fusiles como arma de combate. El batallón se convirtió en la burla del ejército republicano, hasta que recibió su oportunidad de probar de nuevo su valor el 5 de diciembre de 1813 en Araure. En la batalla de Araure, la acción del batallón sin nombre resultó decisiva. Armados solamente con lanzas atacaron al batallón Numancia (uno de los mejores batallones españoles) y lograron desordenar sus cuadros, forzándolos a retirarse.
El día 5, la descubierta republicana empeñó la acción y de inmediato se vio flanqueada y cortada por una columna de caballería, la pequeña fuerza atacante fue virtualmente destruida. Entre tanto, Bolívar desplegaba en batalla sus divisiones, para reanudar el ataque. El coronel Manuel Villapol se colocó a la derecha; el coronel Florencio Palacios en el centro y el teniente coronel Vicente Campo Elías, con el batallón Barlovento, a la izquierda. La caballería cubría los 2 flancos del dispositivo. Como reserva fue destinado un cuerpo de caballería. Ante el ataque republicano, Ceballos hizo marchar su caballería contra la derecha de los atacantes, para distraerlos y desordenarlos, pero Bolívar, atento a este movimiento, empeñó su reserva, la cual desordenó y puso en fuga a la caballería contraria.